Le Consistoire central fut institué par le décret impérial du 15 mars 1808 portant statut, pris en application de la loi sur l’organisation des cultes, qui établit aussi sept consistoires départementaux. Les sept consistoires régionaux sont à l’origine situés à Paris, Marseille, Bordeaux, Metz, Nancy, Strasbourg et Wintzenheim. 

C’est une institution officielle dont l’organisation centralisée, publique et unitaire est calquée sur celle de l’Église catholique de France, sur celle du consistoire protestant, et plus généralement sur les autres grands corps de l’État dans la tradition du droit public français. Il adopta pour devise Religion et Patrie.

À la suite de la séparation des Églises et de l’État en 1905, l’institution publique officielle du Consistoire cesse d’exister. Le Consistoire devient alors une institution privée régie par la loi de 1905.

Aujourd’hui le Consistoire est une institution représentative de la religion juive de France.

Deuxième République, Second Empire

Les consistoires israélites sont réorganisés par l’ordonnance du 25 mai 1844.

Selon Hubert de Beaufort, « le Consistoire central est à la fois le parlement et l’organe exécutif de la communauté juive : il transmet ses directives aux consistoires régionaux et reçoit, par leur intermédiaire, comptes rendus ou informations sur les problèmes de la communauté »

Troisième République

À la suite de la loi de séparation des Églises et de l’État en 1905, les institutions publiques officielles de l’Église de France et des Consistoires protestants et israélites cessent d’exister, sauf en Alsace-Lorraine annexée.

Les différentes communautés juives de France se sont alors constituées en associations cultuelles israélites et se sont regroupées au sein de l’Union des communautés juives de France, en gardant cependant la dénomination de Consistoire central.